교회가 갖고 있는 부동산 팔아도 세금 내야 할까?

실무를 하다 보면 종종 오래된 교회나 종교단체에서 부동산을 정리하시는 자리에 자문을 드리러 가게 됩니다. 그때 가장 먼저 듣는 질문이 바로 이것인데요.

"교회 명의인데 세금이 나오나요?"

많이들 종교단체는 세금과 상관없다고 알고 계신데요, 사실 원칙적으로는 부동산을 파는 행위 자체가 과세 대상 목록에 들어가 있습니다. 다만 빠져나갈 문이 열려 있고, 그 문의 열쇠(?)라고 하면 '얼마나 오래 직접 썼는가'입니다.

오늘은 처분 단계에서 세금이 갈리는 지점과, 판 뒤에 그 돈을 어떻게 다뤄야 하는지를 정리하겠습니다.

종교단체가 부동산을 팔면 세금이 나오나요?

결론부터 말씀드리면, 원칙은 나옵니다.

법인으로 보는 단체나 비영리내국법인은 모든 소득에 법인세를 내는 것이 아니라 법에 열거된 수익사업에서 생긴 소득에만 냅니다. 그런데 그 목록에 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입이 들어가 있습니다.

즉 교회 명의로 되어 있다는 사실 자체가 면세 사유는 아닙니다. 목록에 들어 있는 이상 일단 과세 대상에서 출발하는 것이죠.

참고로 주무관청에 등록된 종교단체가 공급하는 용역 중 부가가치세가 면제되는 것은 수익사업에서 빠져 있습니다. 헌금이나 예배 관련 활동으로 세금이 나오지는 않는다는 뜻입니다.

(법인세법 제4조 제3항 제5호, 같은 법 시행령 제3조 제1항 제7호)

고유목적사업에 썼으면 빠지는 것 아닌가요?

여기가 오늘 글의 핵심 구간입니다.

법령이나 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 자산이라면 처분수입이 수익사업에서 빠집니다. 다만 조건이 붙는데, 2025년에 그 조건이 한 겹 넓어졌습니다.

예전에는 처분일 현재 3년 이상 계속 쓰고 있어야만 빠졌습니다. 그래서 운영이 중단된 교회처럼 몇 년째 비어 있거나 임대를 주고 있던 건물은 그동안 아무리 오래 예배당으로 썼어도 전액 과세로 갔습니다.

지금은 10년 이상 직접 사용한 자산이라면 처분일 현재 쓰고 있지 않더라도 사용한 일수만큼 안분해서 빼 줍니다.

예를 들어, 30년을 보유하면서 그중 24년을 예배 공간으로 쓰고 최근 6년은 임대를 주다가 파셨다면, 처분수입의 80퍼센트가 빠지게 계산이 나오는 것이죠.

반대로 8년만 예배 공간으로 쓰고 나머지를 임대로 돌리셨다면 10년 요건에 걸려서 안분 자체가 되지 않습니다. 2년 차이로 결과가 통째로 갈리는 셈입니다.

그래서 오래된 단체일수록 취득일과 실제 사용 이력을 연도별로 복원하는 작업이 세금을 가장 크게 움직입니다. 건축물대장과 예배 관련 자료, 임대차계약서, 회계장부를 맞춰 두시면 그 자체가 근거가 됩니다.

(법인세법 시행령 제3조 제2항)

판 돈을 교인들에게 나눠도 되나요?

원칙적으로는 어렵습니다.

민법은 해산한 법인의 재산이 정관으로 지정한 자에게 귀속된다고 정하고 있습니다. 정관에 귀속권리자를 정해 두지 않았다면 이사나 청산인이 주무관청의 허가를 받아 그 법인의 목적과 유사한 목적을 위해 처분할 수 있고, 사단법인이라면 총회 결의가 필요합니다. 그렇게도 처분되지 않은 재산은 국고로 갑니다.

정관 어디에도 '구성원에게 나눈다'는 선택지가 없는 것이죠.

그래서 매각대금을 곧바로 나누시면 증여나 상여, 기타소득으로 재구성될 여지가 생기고, 상황에 따라서는 업무상 배임 문제까지 따라올 수가 있습니다.

(민법 제80조)

급여 명목으로 지급하면 되지 않나요?

이름을 바꾸는 것만으로는 성격이 바뀌지 않습니다.

실제 근로를 제공한 사실과 합리적인 보수 근거가 없는 상태에서 매각대금을 급여나 퇴직금으로 나누시면, 비용으로 인정받는지와 별개로 사적분배로 볼 위험이 큽니다.

하지만 방법이 아예 없는 것은 아닙니다. 청산 과정에서 실제로 필요한 업무가 있다면 사전에 역할과 기간, 보수를 정하시고 그 업무를 수행한 자료를 남기시면 됩니다. 상세한 부분은 저희 메이드 전문가의 검토가 필요합니다.

순서가 뒤집히는 것이 문제입니다. 나눌 금액을 먼저 정해 놓고 명목을 나중에 붙이시면, 서류를 아무리 잘 만들어도 그 순서가 드러납니다.

매각 전에 준비하실 것

• 단체의 세법상 지위와 주무관청 등록 여부
• 부동산 취득일과 연도별 실제 사용 이력
• 예배 등 고유목적사업 사용을 보여 주는 자료
• 임대를 준 기간의 임대차계약서와 임대료 수입 내역
• 정관의 잔여재산 귀속 규정과 총회 의사록