약국 개국 하시는 약사분들을 위한 전문 세무사의 절세법

제가 실무에서 개국 준비 상담을 하다 보면, 자리를 보고 계약서에 도장을 찍기 직전에 찾아오시는 약사님들을 종종 뵙게 됩니다. 그때 가장 먼저 듣는 질문이 바로 이것인데요.

"인테리어랑 조제기기에 2억 넘게 들어가는데, 부가세는 그래도 다 환급받는 거죠?"

아닙니다. 약국은 매출의 상당 부분이 부가가치세 면세라서, 개국하면서 쓰신 돈의 부가세를 전부 돌려받기는 어렵습니다. 다른 소매업과 매출 구조 자체가 다르기 때문이죠.

오늘은 약국 개국을 준비하시는 약사님들이 미리 아셔야 할 세무 이야기 4가지를 정리하겠습니다. 🙂

사업자등록보다 약국개설등록증이 먼저인가요?

네 순서로는 약국개설등록증이 먼저입니다.

약국은 약사 면허가 있어야 열 수 있고, 그 면허를 근거로 관할 시장, 군수, 구청장에게 개설등록을 해야 합니다. 신분증, 임대차계약서, 약국 도면, 개설등록신청서를 챙겨 관할 보건소에 신청하시면 실사를 거쳐 약국개설등록증이 나옵니다(수수료는 지자체 고시를 확인하셔야 합니다).

그런데 실무에서는 이 순서가 뒤집히는 일이 종종 있습니다. 대출 실행일이 이미 잡혀 있어서 사업자등록증부터 필요한 경우인데요. 이때는 약국개설등록신청서 사본이나 사업계획서를 등록증 대신 붙여서 세무서에 먼저 신청하시면 사업자등록증을 먼저 받으실 수 있습니다. 업종코드는 523111(의약품 소매업)로 잡습니다.

등록증이 나온 뒤에도 남은 일이 있습니다. 건강보험공단에서 인증서를 발급받아 보건의료자원통합신고포털에 지급계좌를 신고하고 인증서를 등록하셔야 요양급여가 정상적으로 들어옵니다. 마약류를 취급하실 계획이라면 마약류통합관리시스템(NIMS) 가입도 함께 하셔야 하고요.

조제매출과 매약매출, 꼭 나눠서 관리해야 하나요?

네 한쪽은 면세이고 한쪽은 과세이기 때문입니다.

나누는 이유는 공통매입세액을 안분해야 하기 때문인데요. 임차료, 소모품, 인테리어처럼 조제와 매약 어느 쪽 매출을 위한 지출인지 딱 잘라 나눌 수 없는 매입세액을 공통매입세액이라 하고, 이 중에서 과세 매출에 대응하는 부분만 공제받게 됩니다.

예를 들면 인테리어와 조제기기에 2억 2,000만원(부가세 포함)을 쓰셨고, 개국 첫해 매출이 과세 6,000만원, 면세 1억 4,000만원으로 나왔다고 해 보겠습니다.

공제받는 매입세액 : 2,000만원 X (6,000만원 / 2억원) = 600만원

즉 정리드리면, 2,000만원 중 600만원만 돌아오고 1,400만원은 사업의 비용으로 남습니다. 조제 비중이 높은 약국일수록 이 금액이 커질 수밖에 없는 구조인 것이죠.

(부가가치세법 제40조, 같은 법 시행령 제81조)

약국도 창업중소기업 세액감면을 받을 수 있나요?

아니요, 약국은 받지 못합니다.

창업중소기업 세액감면은 법이 감면 업종을 하나하나 열거하는 방식인데, 그 목록에 도매 및 소매업이 아예 없습니다. 약국은 의약품 소매업이라 열거에서 빠지는 것이죠. 그래서 청년 약사님이 지방에서 개국하셔도 이 감면은 적용되지 않습니다.

하지만 방법이 아예 없는 것은 아닌데요. 중소기업 특별세액감면 쪽에는 도매 및 소매업이 들어가 있습니다. 다만 감면율이 가장 낮은 칸에 배정되어 있습니다.

여기서 주의할 점. 다른 업종은 30%까지 올라가지만 도소매업은 10%가 상한이고(10년 이상 계속 경영하시는 등 요건을 갖추시면 11%까지 열립니다), 수도권에서 중기업 규모가 되면 감면이 사라집니다. 감면 한도는 1억원인데, 상시근로자 수가 전년보다 줄면 1명당 500만원씩 한도가 깎이게 됩니다. 페이 약사가 그만둔 자리를 채우지 않은 해에는 한도가 같이 내려간다는 뜻이죠.

(조세특례제한법 제6조 제3항, 제7조 제1항)

약국 세무조사에서 실제로 걸리는 자리는 어디인가요?

크게 3가지입니다.

일단 공단 요양급여 누락입니다. 약국 매출은 환자분께 받는 본인부담금과 공단에서 들어오는 요양급여로 나뉘는데, 장부에서 빠지는 쪽은 거의 공단 입금분입니다. 그래서 세무대리인에게 건강보험공단 인증서를 넘겨 매출을 수시로 대사할 수 있게 해 두시는 것을 권고드립니다.

추가로 카드 포인트가 있습니다. 약국은 의약품 매입을 대부분 카드로 결제하다 보니 쌓이는 포인트가 무시 못할 규모가 되는데요. 이걸 그냥 보너스로 생각하시는 분들이 많지만, 원칙적으로는 잡이익으로 총수입금액에 넣어야 합니다. 국세청 종합소득세 신고안내문에도 들어가 있는 내용이라 그냥 넘기시면 위험할 가능성이 있습니다.

마지막 3번째는 페이 약사 넷급여입니다. 세후 금액으로 계약하면 약국이 페이 약사가 낼 4대보험료와 세금을 대신 부담하게 되는데요. 조사 과정에서 그 대납액을 급여로 보아 추가로 과세하는 경우가 있습니다. 근로계약서는 세전 금액으로 쓰시고, 연말정산과 4대보험 정산금에 관한 권리, 의무를 페이 약사에게 귀속시키는 방식이 안전한 것으로 판단됩니다.

개국 전에 확인하셔야 할 것

• 인테리어와 조제기기 견적의 부가세 중 실제로 돌아오는 금액이 얼마인지
• 개국 첫해 조제와 매약 비중을 어느 정도로 잡으실 것인지
• 사업장이 수도권 안인지 밖인지
• 건강보험공단 인증서를 세무대리인에게 넘겨 두셨는지
• 페이 약사 근로계약을 세전 금액 기준으로 쓰셨는지