종합소득세

폐업 후 종합소득세, 적자인데 신고 꼭 해야 할까

작성 강재남 세무사게시 2026.11.06

본 글은 외부 마케팅 대행 업체가 작성한 글이 아닌, 세무회계 메이드 강재남 대표 세무사가 다양한 실무 경험과 노하우를 바탕으로 직접 작성한 글입니다

"어차피 망했는데 신고를 해야 하나요?"

저희가 소상공인 재기 지원 상담을 진행하다 보면 폐업을 앞두신 사장님들께 이 말씀을 가장 많이 듣게 됩니다. 결론부터 말씀드리면 하셔야 하고, 하시는 편이 유리한 경우가 대부분입니다. 제대로 신고하시면 결손금을 확정해 이미 낸 세금을 돌려받거나 체납액에 대한 유예를 신청하는 길이 열리기 때문입니다.

폐업 언저리에서 도는 말이 4가지쯤 되는데, 하나씩 맞는지 보겠습니다.

"적자로 접었으니 신고할 것도 없다", 맞을까요?

아닙니다. 돌려받을 돈이 있기 때문입니다.

적자로 폐업하시면 결손금이 생기는데, 이게 2갈래로 쓰입니다. 같은 해에 근로소득이나 다른 사업소득이 있으셨다면 결손금과 통산해 세금을 줄이시게 되고요. 그리고 중소기업을 하신 거주자는 직전 과세연도에 그 중소기업 사업소득에 부과된 종합소득 결정세액을 한도로 환급받으실 수 있습니다.

작년에 이익이 나서 세금을 내셨는데 올해 큰 손실로 접으셨다면, 작년에 낸 그 세금이 환급 대상이 된다는 뜻입니다. 다만 3가지를 챙기셔야 합니다.

부동산임대업에서 생긴 결손금은 소급공제 대상에서 빠집니다
결손금이 난 해와 그 직전 해의 소득세를 둘 다 신고하셔야 합니다
확정신고기한까지 환급신청서를 따로 내셔야 합니다

신고를 안 하시면 이 환급이 아예 열리지 않는 것이죠. 신고를 하셔야 돌려받으실 수 있습니다.

[사례] 임 대표님
작년에는 이익이 나서 종합소득세를 내셨는데, 올해 큰 적자가 나면서 가게를 접기로 하셨습니다. 적자로 접었으니 신고할 것도 없는 것 아니냐고 말씀하셨는데요. 결손금이 난 해와 직전 해를 모두 신고하고 확정신고기한까지 환급신청서를 내셔야 작년에 낸 세금을 돌려받는 길이 열립니다.

"문 닫으면 남은 설비에는 세금이 없다", 맞을까요?

아닙니다. 잔존재화 부가세가 나올 수 있습니다. 폐업할 때 예상 못 한 세금이 나오기 쉬운 대표적인 항목이고요.

폐업할 때 남아 있는 재화는 자기에게 공급하는 것으로 봅니다. 매입세액을 공제받으셨던 재산이 폐업 시점에 남아 있으면 그걸 본인이 사 간 것으로 보아 부가세를 내셔야 한다는 뜻입니다.

자산	과세표준
1) 재고자산	시가
2) 비품, 기계장치, 차량	취득가액 × (1 - 25% × 경과 과세기간 수)
3) 건물, 구축물	취득가액 × (1 - 5% × 경과 과세기간 수)

비품과 기계는 2년이 지나면 0이 되고 건물은 10년이 지나면 0이 되거든요. 그래서 오래된 설비만 남아 있으면 부담이 거의 없습니다.

문제는 최근에 인테리어나 설비에 크게 투자하시고 매입세액을 환급받으신 경우입니다. 예를 들면 1년 전에 5,000만원짜리 주방설비를 넣으시고 부가세 500만원을 돌려받으셨다면, 경과 과세기간이 2개라 취득가액의 절반이 과세표준으로 잡힙니다.

재고를 처분하고 접으시면 정상적인 매출로 처리되어 잔존재화 문제가 줄어들 수 있습니다. 권리금을 받고 사업을 통째로 넘기시는 경우에는 포괄양도 요건을 갖추시면 부가세 자체가 발생하지 않습니다.

[사례] 조 대표님
최근 주방 설비와 인테리어에 투자하면서 부가세를 환급받으셨는데, 폐업을 결정하고 설비 목록을 들고 찾아오셨습니다. 어차피 다 버릴 설비라 문을 닫으면 세금이 없는 것 아니냐고 여쭤보셨는데요. 매입세액을 공제받은 재화가 폐업 때 남아 있으면 자기에게 공급한 것으로 보아, 경과한 기간만큼 줄어든 금액에 부가세가 나올 수 있습니다.

(부가가치세법 제10조 제6항, 제29조 제3항 제3호와 제11항, 같은 법 시행령 제66조)

"낼 돈이 없으면 신고도 미루는 게 낫다", 맞을까요?

아닙니다. 신고는 하시고 납부를 나누시면 됩니다. 신고와 납부는 별개입니다.

종합소득세는 납부세액이 1,000만원을 넘으시면 일부를 납부기한 지난 뒤 2개월 이내에 나눠 내는 것이 가능합니다. 별도 신청 없이 신고서에 분납 금액을 적으시면 됩니다. 그리고 사업에 현저한 손실이 생겼거나 부도나 도산의 우려가 있으시면 납부기한 연장 신청이 가능하니, 고지서를 받으셨다면 기한이 지나기 전에 관할 세무서에 문의해 보시는 것이 좋습니다.

여기서 핵심, 무신고가산세와 납부지연가산세는 별개입니다.

신고하고 납부를 못 하시면 납부지연가산세만 붙지만, 신고도 안 하시면 무신고가산세 20%가 얹힙니다. 체납이 있다고 폐업신고를 미루시는 분들도 계신데, 사업자등록이 살아 있으면 부가세 무신고가 계속 누적되고, 폐업하지 않으시면 재기 지원 제도를 이용하실 수도 없습니다. 폐업신고를 하신다고 체납액이 늘어나지는 않고, 미루시면 늘어날 수 있습니다.

(국세징수법 제13조, 제105조, 국세기본법 제47조의2)

여기까지 읽고 “내 경우는 어느 쪽이지?” 싶으시다면, 상황을 그대로 카카오톡으로 보내주세요. 대표 세무사, 공인회계사가 직접 확인해 답변드립니다.

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"같은 업종으로 다시 열어도 창업감면을 받는다", 맞을까요?

아닙니다. 폐업 후 사업을 다시 개시해서 폐업 전과 같은 종류의 사업을 하시면 창업으로 보지 않습니다.

같은 업종으로 재창업하시면 창업중소기업 세액감면 5년이 통째로 막힐 수 있다는 뜻이죠. 다른 업종으로 시작하시면 인정될 여지가 있는데, 그 업종이 감면 대상으로 열거된 업종이어야 하고 지역 요건도 갖추셔야 합니다. 2026년 창업분부터는 지역에 따라 감면율이 25%에서 100%로 갈리고요.

그리고 폐업한 사업에서 넘어온 이월결손금은 새로 시작하신 사업의 소득에서도 공제됩니다. 발생한 과세기간 종료일부터 15년 안이면 되고요. 다만 부동산임대업에서 생긴 결손금은 부동산임대업 소득에서만 공제됩니다.

(조세특례제한법 제6조 제3항)

그럼 폐업할 때 실제 기준은 어떻게 정리될까요?

4가지 말을 실제 기준과 나란히 놓으면 이렇습니다.

도는 말	실제 기준
1) 적자면 신고할 것이 없다	신고해야 결손금 통산과 소급공제 환급이 열림
2) 남은 설비에는 세금이 없다	매입세액을 공제받은 잔존재화는 부가세 과세
3) 돈이 없으면 신고도 미룬다	신고는 하고 납부를 나눔, 무신고면 가산세 20%
4) 같은 업종 재창업도 감면	같은 종류의 사업이면 창업으로 보지 않음

순서는 폐업신고(지체 없이), 부가가치세 확정신고(폐업일이 속하는 달의 다음 달 25일), 종합소득세 신고(폐업한 다음 해 5월 31일)입니다. 4대보험 상실신고는 보험별로 다르고(건강보험 14일, 고용보험은 다음 달 15일), 인허가 폐업신고는 업종별 관할 기관에 따로 하셔야 합니다.

그리고 노란우산공제에 가입하셨다면 폐업이 공제금 지급 사유입니다. 이 공제금은 압류와 양도, 담보 제공이 금지되어 있어서 체납이나 채무가 있으셔도 재기 자금으로 쓰실 수 있습니다. 퇴직소득으로 과세되어 종합소득에 합산되지 않으니 실효세율도 낮고요.

(부가가치세법 제8조 제8항과 제49조 제1항, 소득세법 제70조 제1항)

자주 묻는 질문

폐업했는데 세무서에서 소득세를 추계로 결정하겠다는데, 실제로는 손해를 봤습니다

장부와 증빙을 갖춰 실제 소득을 입증하시면 됩니다. 추계 결정은 업종별 경비율을 적용하다 보니 실제로 손실이 났어도 소득이 있는 것으로 계산될 수 있거든요. 아직 결정 전이시면 장부를 근거로 기한 후 신고를 하시고, 이미 과세예고통지를 받으셨다면 30일 이내에 과세전적부심사를, 고지서를 받으셨다면 90일 이내에 이의신청이나 심판청구로 다투시면 됩니다. 폐업하시면서 서류를 버리지 마시고 5년간 보관하셔야 합니다.

가게를 넘기면서 권리금을 받았는데 세금이 나오지 않나요?

네, 나옵니다. 토지나 건물, 부동산에 관한 권리와 함께 넘기시면 양도소득이고, 임차 점포에서 권리금만 받으시는 대부분의 경우는 기타소득입니다. 기타소득이면 필요경비 60%가 의제되어 실제 소득으로 잡히는 금액은 40%이고, 양수인이 지급하실 때 8.8%를 원천징수하는 것이 원칙입니다. 이건 미리 낸 세금이라 다음 해 5월 종합소득세 신고 때 합산해 정산하시게 됩니다.