창업/사업자등록

창업중소기업 세액감면, 2026년부터 달라진 3가지는

작성 강재남 세무사게시 2026.11.16

본 글은 외부 마케팅 대행 업체가 작성한 글이 아닌, 세무회계 메이드 강재남 대표 세무사가 다양한 실무 경험과 노하우를 바탕으로 직접 작성한 글입니다

2026년 1월 1일 이후 창업분부터 창업중소기업 세액감면의 지역 구분이 2단계에서 3단계로 늘었고, 수도권 비과밀 지역의 청년창업 감면율은 전액에서 75%로 내려갔습니다. 각 과세연도에 감면받는 세액이 5억원을 넘으면 그 초과분도 감면하지 않습니다.

사업자등록을 앞두신 청년 창업자분들과 경기도 남부처럼 수도권 비과밀 지역에서 창업하시는 분들이 가장 크게 영향을 받으십니다. 공제가 아닌 감면이라 요건만 맞으면 낼 세금 자체가 사라질 수 있지만, 75%와 50%, 25% 구간은 최저한세에 걸려 표의 감면율만큼 그대로 줄지 않을 수 있습니다.

2026년부터 창업중소기업 세액감면은 무엇이 바뀌었나요?

지역이 2단계에서 3단계로 늘고, 연간 한도가 새로 생겼으며, 최대주주 요건을 지키지 못했을 때 내려가는 감면율도 3갈래로 나뉘었습니다.

항목	개정 전	개정 후	적용 시기
1) 지역 구분	과밀억제권역이냐 아니냐 2갈래	과밀억제권역, 수도권 그 밖의 지역, 수도권 밖 3갈래	2026년 1월 1일 이후 창업분
2) 수도권 비과밀 청년창업	전액	75%	2026년 1월 1일 이후 창업분
3) 연간 감면 한도	없음	과세연도별 5억원	2025년 1월 1일 이후 창업분
4) 법인 청년창업의 최대주주 요건을 못 지킨 경우	과밀억제권역 밖 50%, 과밀억제권역 감면 없음	수도권 밖과 인구감소지역 50%, 수도권 비과밀 25%, 과밀억제권역 감면 없음	2026년 1월 1일 이후 창업분

종전에는 한도가 없었는데, 이제는 과세연도별 5억원이 상한이고요. 다만 이 한도는 지역 3단계 개편보다 1년 앞서, 2025년 1월 1일 이후 창업분부터 적용됩니다.

언제 창업한 분부터, 누구에게 적용되나요?

창업 시기로 먼저 갈립니다.

창업 시기	지역	청년창업 감면율
1) 2025년 12월 31일 이전	수도권과밀억제권역 밖	전액
2)	수도권과밀억제권역	50%
3) 2026년 1월 1일 이후	수도권 밖 또는 인구감소지역	전액
4)	수도권 중 과밀억제권역과 인구감소지역을 뺀 지역	75%
5)	수도권과밀억제권역	50%

예를 들면 경기도 남부 비과밀 지역에서 창업하시는 경우 종전에는 전액이었지만 2026년 이후 창업분은 75%가 적용됩니다.

그리고 업종은 열거된 것만 됩니다. 광업과 제조업, 건설업, 음식점업, 정보통신업, 전문 과학 및 기술서비스업, 이용 및 미용업, 물류산업, 직업기술 분야 학원 등이 들어가는데요. 많이들 걸리시는 것은 빠지는 쪽입니다.

업종	비고
1) 부동산임대업, 부동산업	대상 아님
2) 금융 및 보험업 (전자금융업무, 온라인소액투자중개, 소액해외송금업무는 예외로 대상)	대상 아님
3) 유흥주점업 등 소비성서비스업	열거 업종에 없어 대상 아님
4) 전문직 서비스업	변호사업, 변리사업, 법무사업, 공인회계사업, 세무사업, 수의업, 행정사 사무소 운영업, 건축사사무소 운영업

실무에서는 사업자등록증의 업태나 종목보다 주된 사업의 실질을 보는 것이 원칙입니다.

청년창업은 창업 당시 만 15세 이상 34세 이하여야 하고, 병역을 이행하셨으면 그 기간을 6년까지 연령에서 빼 줍니다. 만 36세여도 2년간 복무하셨으면 34세로 계산되는 것이죠.

[사례] 손 대표님
수도권 과밀억제권역 밖에서 정보통신업으로 창업하시려고 사업자등록을 앞두고 찾아오셨습니다. 지역 구분표를 들여다보시며 과밀억제권역이 아니니 청년창업이면 전액 감면 아니냐고 말씀하셨는데요. 2026년 1월 1일 이후 창업분부터는 수도권 비과밀 지역의 청년창업 감면율이 75%로 내려갔고, 과세연도별 5억원 한도도 생겼습니다.

(조세특례제한법 제6조)

경과규정과 예외는 무엇인가요?

2025년 12월 31일 이전 창업분은 종전 2단계 감면율이 그대로입니다. 바뀐 표는 2026년 1월 1일 이후 창업분부터 적용됩니다.

근데 여기서 주의할 점. 법인은 대표자가 청년이기만 해서는 안 되고, 그 청년이 최대주주여야 합니다. 감면기간 중에 이 요건을 충족하지 못하게 되시면 그 사유가 생긴 과세연도부터 남은 기간의 감면율이 내려가는데요. 수도권 밖과 인구감소지역은 50%, 수도권 비과밀은 25%, 과밀억제권역은 감면이 아예 없게 됩니다. 투자를 받아 VC가 최대주주가 되시는 경우가 대표적입니다.

[사례] 남 대표님
수도권 비과밀 지역에서 제조업 법인을 창업하시고 외부 투자를 앞두고 감면 요건을 점검하러 오셨습니다. 주주명부 초안을 펼쳐 보시며 VC가 최대주주가 되어도 대표는 계속 본인이니 감면율은 그대로 아니냐고 여쭤보셨는데요. 청년 대표자가 최대주주가 아니게 되면 그 과세연도부터 남은 기간의 감면율이 수도권 비과밀 지역은 25%로 내려갑니다.

그리고 창업으로 보지 않는 유형이 아래 4가지로 따로 있고, 감면이 부인되는 사례도 주로 여기서 나옵니다.

유형	설명
1) 합병, 분할, 현물출자, 사업양수	종전 사업이나 그 자산을 인수해 같은 종류의 사업을 하는 경우
2) 개인사업자의 법인전환	법인을 세워 사업을 넘긴 경우
3) 폐업 후 재개시	폐업 후 같은 종류의 사업을 다시 하는 경우
4) 사업 확장, 업종 추가	새로운 사업을 최초로 개시한 것으로 보기 어려운 경우

기존 회사에서 나와 같은 업종으로 새 회사를 차리신 경우는 종전 사업의 자산이나 사업을 인수하지 않으셨다면 창업으로 인정될 여지가 있습니다. 다만 거래처와 인력과 설비를 통째로 가져오셨다면 1)에 해당할 소지가 있고, 기존 법인이 있는데 매출만 나눠 놓은 새 법인은 부인되는 경우가 많습니다.

(조세특례제한법 제6조 제10항)

여기까지 읽고 “내 경우는 어느 쪽이지?” 싶으시다면, 상황을 그대로 카카오톡으로 보내주세요. 대표 세무사, 공인회계사가 직접 확인해 답변드립니다.

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2026년 이후 창업하신다면 매년 무엇을 확인하셔야 할까요?

창업 당시 사업장이 3갈래 지역 중 어디에 속하는지
주된 업종이 열거 업종에 들어가고 실질도 같은지
법인이라면 청년 대표자가 감면기간 내내 최대주주인지
과세연도 감면세액이 5억원을 넘지 않는지
종전 사업의 자산이나 거래처를 인수한 것으로 보일 만한 기록이 없는지

자주 묻는 질문

창업 후 3년간 적자였는데, 감면 기간이 벌써 끝난 건 아닌가요?

아닙니다. 감면 기간은 최초로 소득이 발생한 과세연도부터 셉니다. 올해 처음 흑자가 나셨다면 올해부터 5개 과세연도가 감면 대상입니다. 다만 무한정은 아니어서, 창업 후 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 안 생기면 그 과세연도부터 기산합니다.

서울에서 창업했는데 지방으로 본점을 옮기면 감면율이 올라가지 않나요?

아니요, 원칙적으로 창업 당시의 지역으로 판정하고 옮기신다고 감면율이 소급해 바뀌지는 않습니다. 반대로 감면율이 더 낮은 지역으로 사업장을 옮기시거나 그 지역에 지점을 두시면, 그 과세연도부터 남은 기간은 옮긴 지역에서 창업한 것으로 봅니다. 수도권과밀억제권역 밖으로 본점을 이전하는 법인에 대한 별도 감면 제도도 있으니, 지방 이전을 계획하신다면 두 제도를 함께 검토해 보시길 권고드립니다.

감면받았는데 나중에 창업이 아니라고 부인되면 어떻게 되나요?

감면받으신 세액 전액과 가산세를 납부하셔야 합니다. 이 감면은 사전에 확인받을 절차가 마땅치 않아서, 거래처 구성과 설비 취득 내역, 인력 구성, 사업 내용의 차이를 창업 초기부터 문서로 남겨 두시는 것이 좋습니다.