연구인력개발비 세액공제, 지금까지 못받으셨다면 보세요

실무에서 스타트업 대표님들을 상담하다 보면 이 말씀을 종종 듣게 됩니다. 어디서 들으셨다며 확인을 구하시는 자리인데요.

"연구소만 만들면 개발자 인건비의 25%를 돌려받는다던데, 맞나요?"

절반은 맞고 절반은 틀립니다.

중소기업의 일반 연구개발비 공제율이 25%인 것은 맞습니다. 개발 인건비가 연 10억원이면 산술적으로 2억 5,000만원이니 결코 작지 않은 금액이죠. 문제는 어디까지가 연구개발비냐는 판단입니다. 이게 회사와 과세관청 사이에서 갈리면 이미 공제받은 세액을 가산세와 함께 토해내게 됩니다. 오늘은 그 경계선과, 앞뒤로 쓸 수 있는 안전장치 2가지를 정리하겠습니다.

얼마나 공제받을 수 있나요?

중소기업은 당기분 25%와 증가분 50% 중 유리한 쪽을 고르실 수 있습니다.

당기분은 그 해 연구개발비에 25%를 곱하고, 증가분은 직전 연도보다 늘어난 금액에 50%를 곱합니다. R&D 지출이 급격히 늘어난 해에는 증가분 방식이 유리할 수 있으니 매년 둘 다 계산해 보시는 것이 좋습니다. 다만 증가분 방식을 못 고르는 경우가 2가지 있습니다. 최근 4년간 연구개발비가 없으셨거나, 직전 연도 지출이 4년 평균보다 적은 해입니다. 이때는 당기분만 적용됩니다. 그리고 중소기업을 갓 벗어나신 경우에는 25%가 바로 8%로 떨어지지 않고, 3년간 20%, 그 뒤 2년간 15%를 거칩니다.

여기서 핵심, 중소기업 법인이시라면 이 공제는 최저한세와 무관합니다. 최저한세가 걸리는 것은 중소기업이 아닌 법인의 연구개발비 공제고요. 다만 개인사업자는 중소기업이시더라도 최저한세 대상이라 갈래가 다릅니다.

적자라 당장 낼 법인세가 없어도 신고는 해 두셔야 합니다. 공제받지 못한 금액은 이월되거든요.

(조세특례제한법 제10조, 제132조)

어디까지가 연구개발비인가요?

여기가 가장 많이 다투는 지점입니다. 열거된 것만 대상입니다.

전담부서 인력의 인건비, 연구용 견본품과 원재료 구입비, 요건을 갖춘 위탁 공동연구개발비 정도가 대체로 인정됩니다. 반대로 자주 부인되는 항목들이 있는데요.

실무에서 가장 위험한 것은 우리 개발자 전원이라고 잡으시는 경우입니다. 소프트웨어 회사나 플랫폼 스타트업에서 흔한 오해인데요. 개발자와 연구원은 다릅니다. 세법이 인정하는 것은 연구전담부서에 소속되어 실제 연구개발을 수행한 인력의 인건비라, 서비스 운영이나 유지보수만 하는 분, 고객사 요구대로 커스터마이징하는 분의 인건비는 부인될 가능성이 있습니다.

직원 22명의 SaaS 스타트업을 운영하시는 30대 후반 윤 대표님도 처음에는 그렇게 생각하셨습니다. 연간 개발자 인건비만 약 9억원이었고 기업부설연구소도 있었기 때문에, 개발팀 급여 전액에 25% 공제를 적용할 수 있다고 보고 2026년 법인세 신고 전 상담을 오셨습니다.

"개발자는 전부 제품 개발을 하는데 그냥 다 연구개발비로 넣으면 되는 것 아닌가요?"

이렇게 물으셨는데, 직원별 업무를 확인해 보니 일부는 신규 알고리즘 개발을 했지만, 일부는 고객사 커스터마이징과 장애 대응, 유지보수를 주로 하고 있었습니다. 결국 연구과제별 참여 인력과 투입시간을 다시 나누고, 타임시트와 개발 기록이 남아 있는 인건비만 공제 대상으로 정리했습니다. 공제액이 큰 만큼 애매한 항목은 사전심사까지 검토하기로 하셨습니다.

그래서 필요한 것이 서류입니다. 연구소나 전담부서 인정서, 과제별 연구개발계획서와 보고서, 연구원별 참여율 산정 근거를 갖추셔야 합니다. 이 서류는 과세연도 종료일부터 5년간 보관하셔야 하고요. 연구노트는 일반 연구개발비에서는 법정 작성 대상이 아니지만, 신성장이나 국가전략기술로 신청하시면 필수라 함께 남겨 두시는 편이 안전합니다.

실제로 연구를 하셨더라도 그 사실을 서류로 보여드리지 못하면 공제가 부인됩니다.

사전심사를 꼭 받아야 하나요?

공제 금액이 크거나 애매한 항목이 있으면 받으시는 편이 좋습니다.

국세청이 사전심사 제도를 운영하고 있습니다. 법인세 신고 전에 지출한 비용이 공제 대상인지 미리 심사받는 제도인데요. 심사받으신 대로 신고하시면 그 부분은 과소신고가산세를 면제해 주는 식으로 운영됩니다.

R&D 세액공제는 나중에 부인되면 본세보다 가산세 부담이 더 커지거든요. 몇 년 뒤 조사에서 부인되면 본세에 과소신고가산세와 납부지연가산세가 함께 얹힙니다. 사전심사를 받아 두시면 적어도 심사받은 범위에서는 그 위험이 사라집니다.

다만 2가지는 유의하셔야 합니다. 심사 때 제출한 사실관계와 실제가 다르면 효력이 없고, 심사에 시간이 걸리니 신고기한에 임박해 신청하시면 결과를 못 받으실 수 있습니다.

못 받은 공제, 되찾을 수 있나요?

네 5년 이내면 경정청구로 되찾으실 수 있습니다.

제도 자체를 모르셨거나, 연구소는 있었는데 신청을 안 하셨거나, 대상 비용을 좁게 잡아 일부만 공제받으신 경우가 생각보다 많습니다. 법정신고기한이 지난 후 5년 이내면 청구할 수 있어서, 매년 R&D 비용이 발생했는데 한 번도 못 받으셨다면 5개 사업연도분을 한꺼번에 정리하실 수 있습니다.

저희가 동물의학센터의 연구인력개발비 경정청구를 진행한 사례가 있습니다(실제 사례입니다). 병원이나 의료기관은 R&D 공제 대상이 아니라고 생각하기 쉬운데, 연구전담부서를 두고 실제 연구개발을 수행했다면 업종과 무관하게 대상이 됩니다.

수도권에서 동물의학센터를 운영하시는 50대 초반 박 원장님이 바로 그런 경우였습니다. 수의사와 연구인력 6명을 두고 진단기법과 검사 프로토콜을 개발하고 계셨고 연구전담부서도 오래전부터 운영하셨지만, 의료기관은 R&D 세액공제를 받기 어렵다고 생각해 별도로 신청하지 않으셨습니다.

"연구소도 있었고 실제 연구도 계속했는데 이제 와서 받을 방법은 없나요?"

2026년 상담에서 이렇게 물으셨는데, 과거 급여자료와 당시 연구과제 문서, 실험기록을 확인해 보니 일부 연도는 경정청구를 검토할 여지가 있었습니다. 다만 지금 새로 과거 자료를 만드는 것이 아니라 당시 실제 남아 있던 기록으로 연구활동과 인건비를 입증해야 했기 때문에, 연도별 자료를 다시 모아 공제 가능 금액을 보수적으로 산정해 진행하기로 하셨습니다.

제조업이나 IT가 아닌 업종에서 이런 경우가 특히 자주 나옵니다. 식품이나 화장품의 제형 개발, 건설업의 공법 개발, 서비스업의 알고리즘 개발이 그렇습니다.

근데 여기서 주의할 점. 서류를 소급해서 만드시면 안 됩니다. 지금 와서 과거 날짜의 연구개발보고서를 작성하는 것은 부정행위로 취급될 수 있어서, 당시의 실제 기록을 바탕으로 정리하셔야 합니다. 금액이 크면 사실관계 확인 과정에서 다른 항목까지 들여다볼 여지도 있으니, 다른 위험이 없는지 함께 점검하고 진행하시는 편이 안전합니다.

(국세기본법 제45조의2)