법인전환 방법 3가지, 어느 쪽이 세금이 적을까

1편에서 전환할 것인가를 다뤘습니다. 전환하기로 정하셨다면 저희 세무회계 메이드에 오셔서 다음으로 물으시는 것이 이것인데요.

"그러면 어떻게 옮기는 겁니까? 방법이 여러 개라던데요."

3가지가 있고, 그중 2가지에만 세제 지원이 붙습니다.

개인사업자를 법인으로 바꾼다는 것은 개인이 갖고 있던 자산과 부채, 계약, 인력을 새로 만든 법인에 넘기는 일입니다. 그런데 세법의 눈으로 보면 개인이 법인에 재산을 양도하는 거래라 양도소득세와 취득세, 부가가치세가 생깁니다. 사업용 부동산이 있으면 이 비용이 수억원에 이를 수 있어서, 지원 없이는 전환 자체가 어려운 경우가 많습니다.

전환 방법이 몇 가지인가요?

3가지인데 실무에서는 3번째를 가장 많이 씁니다.

1)은 절차가 단순하고 빠르며 자본금 제약이 없지만 양도소득세를 바로 내셔야 하고 취득세 감면도 없습니다. 사업용 부동산이 없고 자산 규모가 작은 서비스업이라면 지원받을 게 별로 없으니 오히려 이 방식이 합리적일 수 있습니다.

2)는 법인이 인수대금을 마련할 필요가 없다는 것이 장점입니다. 자산이 주식으로 바뀌는 것뿐이니까요. 대신 법원이 선임한 검사인의 조사나 감정인의 감정이 필요해서 실무상 2개월에서 3개월쯤 걸리고 비용도 듭니다.

3)은 현물출자보다 절차가 가벼우면서 지원을 받습니다. 다만 법인이 인수대금을 지급할 자금이 필요하고(실무에서는 미지급금으로 처리한 뒤 상환하는 구조를 씁니다), 법인설립일부터 3개월 이내라는 기한을 반드시 지키셔야 합니다.

세제 지원을 받는 2가지 방식에는 공통 요건이 하나 있습니다. 새로 세우는 법인의 자본금이 소멸하는 사업장의 순자산가액 이상이어야 합니다. 순자산은 사업용 자산의 시가에서 부채를 뺀 값이라, 부동산이 있으면 시가로 평가해야 해서 예상보다 큰 자본금이 필요할 수 있습니다.

경기도에서 연매출 35억원 규모의 금속가공업을 운영하시는 50대 초반 김 대표님도 처음에는 법인을 먼저 만든 뒤 개인 명의 공장과 기계장치를 매매 형식으로 넘기면 끝이라고 생각하셨습니다.

"어차피 제 회사인데 그냥 법인에 넘기면 되는 것 아닌가요?"

2026년 5월 상담에서 이렇게 물으셨는데, 일반 사업양수도로 진행하면 부동산 양도소득세와 취득세 부담이 커질 수 있어 순자산가액을 확인한 뒤 세감면 사업양수도 요건을 검토했습니다. 특히 법인 설립 후 3개월 이내 포괄양도와 자본금 요건을 맞춰야 했기 때문에 공장 감정가액과 부채를 먼저 정리했고, 법인 설립 일정도 그에 맞춰 잡았습니다.

양도소득세는 어떻게 미루나요?

이월과세라고 부르는데, 면제가 아니고 납세자를 바꿔서 미루는 것입니다.

전환 시점에는 개인이 양도소득세를 내지 않습니다. 대신 나중에 법인이 그 자산을 팔 때, 개인이 냈어야 할 양도소득세 상당액을 법인세로 냅니다. 개인의 부담이 법인으로 넘어가고 실제 처분할 때까지 유예되는 구조인 것이죠.

대상은 사업용고정자산입니다. 토지와 건물, 기계장치처럼 사업에 직접 쓰는 자산이고 재고자산이나 사업과 무관한 자산은 빠집니다. 소비성서비스업도 대상에서 제외되고요. 그리고 그 사업용고정자산이 주택이거나 주택을 취득할 수 있는 권리라면 이월과세를 받지 못합니다.

근데 여기서 주의할 점. 이월과세는 자동으로 적용되지 않습니다.

전환한 날이 속하는 과세연도의 과세표준 신고 때, 새로 설립된 법인과 함께 이월과세적용신청서를 관할 세무서장에게 내셔야 합니다. 이 신청서를 빠뜨려서 이월과세를 못 받는 사례가 실제로 나옵니다. 전환 실행보다 신고 단계가 더 중요하다고 말씀드리는 이유입니다.

(조세특례제한법 제32조, 같은 법 시행령 제29조)

취득세와 부가세는 어떻게 되나요?

취득세는 절반이 깎이고, 부가세는 포괄양도면 아예 안 생깁니다.

법인이 개인사업의 부동산을 넘겨받으면 취득세가 나오는데, 이게 전환 비용에서 가장 큰 몫입니다. 현물출자나 사업양수도 방식이면 취득세를 50% 경감받으실 수 있습니다.

다만 과거 자료에는 감면율이 다르게 적혀 있는 경우가 있습니다. 감면율과 일몰기한은 지방세특례제한법 개정으로 자주 바뀌니 실행 시점의 조문과 관할 지자체 확인을 권해 드립니다.

그리고 부동산 임대 및 공급업은 감면 대상에서 명시적으로 빠집니다.

1편에서도 말씀드렸지만 이게 부동산임대업 전환의 가장 큰 장벽입니다. 시가 50억원 부동산이면 취득 관련 세금이 농특세와 지방교육세까지 합쳐 2억 3,000만원 수준을 전액 부담하셔야 하고, 과밀억제권역 신설 법인이면 중과되어 4억 7,000만원 수준까지 올라가게 됩니다. 감면을 받으셨더라도 일정 기간 내에 사업을 폐지하거나 그 재산을 처분하시면 추징된다는 점도 보셔야 합니다.

부가가치세는 사업의 포괄양도에 해당하면 재화의 공급으로 보지 않아 발생하지 않습니다. 법인 전환은 모든 권리와 의무를 포괄승계하는 것이라 통상 요건을 충족하는데요. 사업의 동일성이 유지되는지, 법인 사업자등록이 되어 있는지를 확인하셔야 합니다. 사업양도신고서는 함께 내시는 것이 좋지만, 부가가치세법 시행령 제23조가 정한 성립 요건은 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시켰는지 하나입니다. 판단이 애매하면 대리납부를 쓰시는 편이 안전합니다.

(지방세특례제한법 제57조의2, 부가가치세법 제10조 제9항 제2호)

5년을 왜 버텨야 하나요?

이월과세를 받으셨다면 사후관리가 5년 따라옵니다.

법인 설립등기일부터 5년 이내에 전환된 법인이 사업을 폐지하거나, 전환으로 취득한 주식의 50% 이상을 처분하시면 이월과세된 양도소득세를 납부하셔야 합니다.

여기서 2번째가 특히 중요합니다. 전환 후 5년 안에 회사를 매각하시거나, 지분을 자녀에게 넘기시거나, 투자 유치로 지분이 크게 희석되면 추징 사유에 걸릴 수 있거든요.

즉 정리드리면 법인 설립등기일과 사업 매각 사이에는 5년의 간격이 필요합니다. M&A를 염두에 두고 계시다면 전환 시점을 신중히 정하셔야 하고, 자녀 승계 계획이 있으시면 5년 뒤로 일정을 잡으셔야 합니다. 투자 유치로 지분이 희석되는 경우가 처분에 해당하는지도 미리 검토받으시는 편이 좋습니다.

온라인 식품 제조업을 운영하시는 40대 초반 윤 대표님이 그런 경우였습니다. 연매출이 20억원을 넘어서면서 법인전환을 준비하셨고, 사업용 창고와 생산설비도 보유하고 계셔서 현물출자 방식으로 세 부담을 줄이는 방향을 검토하고 있었습니다.

"2~3년 뒤에 지분을 넘길 수도 있는데 이월과세 받아도 문제없습니까?"

상담 중 투자계약 초안을 보여주시며 이렇게 물으셨습니다. 전환 자체보다 이후 5년간의 사후관리가 더 중요한 상황이었던 것이죠. 결국 윤 대표님은 당장의 세금만 보고 전환방식을 정하지 않고, 향후 투자유치와 M&A 일정까지 함께 놓고 전환 시점을 다시 조정하기로 하셨습니다.

참고로 주식 처분 사유는 2013년 개정으로 들어온 것이라, 그 이전 자료에는 없거나 다르게 적혀 있을 수 있습니다.

실행 순서는 순자산 평가, 법인 설립, 법인 사업자등록, 3개월 이내 포괄양수도 계약, 소유권이전등기와 취득세 신고, 개인사업자 폐업신고, 부가세 확정신고와 사업양도신고서, 마지막으로 양도소득세 신고, 예정신고를 포함해서 그때 이월과세적용신청서 제출입니다. 마지막 칸을 놓치시면 안 됩니다.