직원이 줄면 고용증대세액공제를 뱉어내야 하나요

실무를 하다 보면 몇 년 전에 법인세 신고할 때 고용증대세액공제를 받아 두신 대표님들이나 담당자분들께서 이렇게 물어보시는 것을 보게 됩니다.

"그때 직원 늘어서 법인세 공제받았는데, 작년에 한 명 나갔거든요. 괜찮은 거죠?"

많이들 공제는 받은 해로 끝나는 것이라고 생각하시는데요, 사실 이 제도는 받은 뒤가 더 깁니다. 인원을 유지하는지를 몇 년에 걸쳐 다시 보기 때문입니다.

오늘은 사후관리 기간이 어디까지인지, 그리고 2026년부터 제도가 어떻게 달라졌는지를 정리하겠습니다.

고용증대세액공제는 언제까지 받을 수 있었나요?

2024년 12월 31일이 속하는 과세연도까지입니다.

이 공제는 상시근로자 수가 직전 과세연도보다 늘어난 경우에 적용되고, 중소기업과 중견기업이라면 그 과세연도와 이후 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지, 그러니까 모두 3개 연도에 걸쳐 같은 금액을 공제받는 구조였습니다.

인원 한 명당 공제액은 이렇게 나뉘어 있었습니다.

청년 한 명을 수도권 밖에서 채용하셨다면 3년에 걸쳐 3,600만원까지 공제가 나오는 셈이니, 중소기업 입장에서는 상당히 큰 제도였습니다.

(조세특례제한법 제29조의7 제1항)

인원이 줄면 어떻게 되나요?

여기가 대표님들께서 가장 자주 놓치시는 지점입니다.

조문은 최초로 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지 전체 상시근로자 수가 최초 공제연도보다 줄어들면, 줄어든 과세연도부터 공제를 적용하지 않도록 하고 있습니다. 그리고 이미 공제받은 세액에 상당하는 금액을 소득세나 법인세로 납부하도록 하고 있고요.

청년등 근로자 수만 줄어든 경우에는 청년등에 대한 공제분에 대해서만 같은 처리를 합니다.

즉 남은 2년 치를 못 받는 것으로 끝나지 않고, 이미 받았던 금액까지 뱉는 것으로 되돌아옵니다.

(조세특례제한법 제29조의7 제2항)

새로 공제를 안 받는 해는 계산에서 빠지나요?

빠지지 않습니다.

저희가 상담하다 보면 이 부분을 반대로 알고 계신 경우를 자주 보게 됩니다. 그해에 인원이 늘지 않아 새로 공제를 신청하지 않았으니, 상시근로자 계산에서도 그 연도는 빼도 되는 것으로 이해하시는 것이죠.

사후관리는 새 공제를 받았는지와 관계없이 굴러갑니다. 기준은 언제나 최초로 공제를 받은 과세연도의 인원이고, 그 뒤 2년 동안의 인원을 그 기준과 비교합니다.

그래서 실무에서는 계산보다 기록이 문제가 됩니다. 공제가 3년에 걸쳐 이월되다 보니 담당자가 바뀌면 어느 해에 생긴 공제가 어디까지 쓰였는지 아무도 설명하지 못하는 상태가 되거든요.

2026년부터는 무엇이 달라졌나요?

계산 구조 자체가 바뀌었습니다.

2026년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 2028년까지는 통합고용세액공제가 적용되는데요, 이제는 직전 한 해만 보지 않습니다. 직전 3개 과세연도 중 1개 이상과 비교해서 상시근로자 수가 늘었는지를 보게 됩니다.

공제액도 비교 대상 연도에 따라 나뉩니다. 중소기업이 청년등 근로자를 늘린 경우로 보면, 직전 과세연도 대비 증가분은 1명당 700만원(수도권 밖 1,000만원), 전전 과세연도 대비 증가분은 1,600만원(수도권 밖 1,900만원), 전전전 과세연도 대비 증가분은 1,700만원(수도권 밖 2,000만원)입니다.

예전처럼 한 번 늘리고 3년을 같은 금액으로 받는 것이 아니라, 해마다 그 시점의 인원을 다시 비교해 그해의 공제액을 계산하는 방식이 된 것이죠.

한편 정규직 전환이나 육아휴직 복귀자에 대한 공제는 성격이 달라서, 전환일이나 복직일부터 2년이 지나기 전에 그 근로자와의 근로관계가 끝나면 공제받은 세액을 납부하도록 하는 규정이 그대로 남아 있습니다.

(조세특례제한법 제29조의8 제1항 및 제7항)

확인하셔야 할 것

• 최초로 공제를 받은 과세연도가 언제인지
• 그 연도의 전체 상시근로자 수와 청년등 근로자 수
• 이후 2년간 각 연도 말 인원이 그 기준을 넘고 있는지
• 이월된 공제세액이 어느 연도에 얼마씩 사용됐는지
• 법인전환이나 사업 양수도가 중간에 끼어 있는지