통합고용세액공제 2026년부터 바뀌는 것은?

2026년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 통합고용세액공제는 직전 연도, 전전 연도, 전전전 연도와 각각 비교해서 늘어난 만큼을 한 해에 합산하는 방식으로 바뀌었습니다. 인원이 늘어난 해의 금액을 3년간 반복해서 받던 구조는 이제 적용되지 않습니다.

작년에 직원을 3명 채용하신 회사라면 받으실 수 있습니다. 다만 결산 자리에서 인터넷 금액표를 들고 오시는 대표님들을 종종 뵙는데, 그 표는 2025년까지 적용되던 옛 금액표일 가능성이 높습니다.

2026년부터 통합고용세액공제는 무엇이 바뀌었나요?

계산 방식, 공제 기간, 공제 요건, 사후관리 4가지가 한꺼번에 바뀌었습니다.

새 금액은 중소기업 기준으로 이렇습니다.

읽는 법이 조금 까다롭습니다. 1)은 작년보다 늘어난 인원, 2)는 재작년보다 늘어난 인원, 3)은 그 전해보다 늘어난 인원인데요. 3개 값을 각각 구해서 전부 더한 금액이 그 해의 공제액입니다. 작년보다 줄었어도 재작년보다 늘었으면 그 몫은 살아 있다는 뜻이죠.

(조세특례제한법 제29조의8 제1항)

언제부터, 어떤 회사와 직원에게 적용되나요?

적용 기간은 2026년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 2028년 12월 31일이 속하는 과세연도까지입니다.

근데 여기서 주의할 점. 2024년 12월 31일 이전에 시작한 과세연도는 비교에서 빠집니다. 12월 결산 법인이라면 2026년에는 직전 연도 1칸만, 2027년에는 2칸, 2028년에야 3칸이 다 살아납니다.

[사례] 정XX님
지난해 직원을 몇 명 새로 뽑은 회사의 결산을 준비하시며 인터넷에서 찾은 금액표를 들고 오셨습니다. 그 표대로라면 작년에 늘린 인원이니 올해부터 3년 동안 같은 금액을 받으면 되느냐고 말씀하셨는데요. 그 표는 2025년까지의 옛 방식이고, 올해 결산에서는 직전 연도 대비 1칸만 계산됩니다.

회사 규모별로도 다릅니다. 중견기업은 청년등이 직전 500만원, 전전과 전전전이 각각 900만원이고, 청년등 외는 300만원과 500만원과 500만원입니다. 중견기업이 아닌 대기업은 청년등에 대해서만 직전 300만원, 전전 500만원 2칸이 있습니다. 그리고 중소기업이 아닌 내국인은 최소고용증가인원수(중견기업 5명, 그 밖의 기업 10명)를 넘겨야 공제를 받으시고, 그 인원수에 해당하는 금액을 빼고 계산합니다.

직원 쪽에서는 상시근로자에서 빠지는 사람부터 보셔야 합니다. 근로기간이 1년 미만인 근로자, 월 평균 근로시간이 60시간 미만인 단시간근로자, 임원, 최대주주와 그 배우자, 그리고 이분들의 직계존비속과 친족입니다. 대표님 가족을 채용하셔도 공제 대상이 아닌 것이죠.

청년등은 청년 정규직 근로자, 장애인 근로자, 60세 이상인 근로자, 경력단절 근로자, 북한이탈주민 5가지입니다. 경력단절 근로자는 2025년에 요건이 조문에 새로 들어왔습니다(1년 이상 근무 후 결혼, 임신, 출산, 육아 등으로 퇴직하고 2년 이상 15년 미만 경과).

경과규정과 예외는 무엇이 남아 있나요?

기본공제의 2년 추징 조항은 2025년 12월 23일 개정으로 삭제되었습니다. 3년치를 비교해 합산하는 구조로 바뀌면서, 인원이 줄면 그 다음 해 계산에서 자연스럽게 반영되도록 설계가 바뀐 것으로 보입니다.

다만 육아휴직 복귀자 공제에는 2년 사후관리가 그대로 있습니다. 중소기업이나 중견기업이 육아휴직 복귀자를 2026년 12월 31일까지 복직시키시면 1인당 1,300만원(중견기업은 900만원)을 공제받으시는데요(1년 이상 근무, 연속 6개월 이상 육아휴직, 최대주주 특수관계인 아닐 것). 복직일부터 2년이 지나기 전에 근로관계가 끝나면 공제받은 세액을 다시 납부하셔야 합니다. 자녀 1명당 한 차례만 적용되고, 그해 상시근로자 수가 직전 연도보다 줄면 공제받지 못합니다.

[사례] 오XX님
육아휴직을 마치고 복직한 직원이 있어 공제 대상 인원을 정리하다 찾아오셨습니다. 노트북 화면을 번갈아 보여 주시며 통합고용세액공제가 바뀌었으니 복귀자도 그 안에서 함께 계산되느냐고 여쭤보셨습니다. 복귀자 공제는 그 안이 아니라 따로 계산되고, 복직일부터 2년을 지켜야 하는 사후관리도 그대로 남아 있습니다.

반대로 정규직 전환자 공제는 사실상 끝났습니다. 2023년 6월 30일 당시 고용하고 있던 기간제나 파견 근로자를 2024년 1월 1일부터 12월 31일까지 전환한 경우로 한정되어 있거든요.

옛 고용증대세액공제는 일몰이 끝나 신규 적용은 안 되지만, 과거에 받으신 회사는 사후관리가 아직 진행 중일 수 있습니다. 과거에 인원이 늘었는데 신청을 안 하셨다면 5년 이내 경정청구로 되찾으실 수 있고요.

(조세특례제한법 제29조의8 제5항에서 제7항, 국세기본법 제45조의2)

2026년 과세연도부터 매년 결산 전에 확인하셔야 할 것

• 비교 대상 과세연도 중 2024년 12월 31일 이전에 시작한 해가 빠져 있는지
• 늘어난 직원 중 1년 미만 계약자, 임원, 최대주주의 가족이 섞여 있지 않은지
• 직원별 실제 근무 사업장이 수도권인지 수도권 밖인지
• 육아휴직 복귀자가 있다면 복직일부터 2년 근로관계가 유지되는지
• 옛 고용증대세액공제의 사후관리와 이월공제분이 남아 있는지